De specificiteit van de eigen collectie en de ligging in de rustige residentiële wijk van Deurle/Latem, het centrum van het Vlaamse expressionisme, heeft ongetwijfeld zijn invloed op zowel de inhoud van het museale beleid als op de publiekswerking van het museum Dhondt-Dhaenens. Zo is het één van de belangrijke aandachtpunten van het MDD om de betekenis van de Vlaamse kunst uit de eerste helft van de twintigste eeuw te onderbouwen en actualiseren.

Daarnaast is het onderzoek naar het privé-verzamelen in Vlaanderen een belangrijk beleidspunt voor het MDD. Het MDD is zelf ontstaan uit de geëngageerde wil van haar stichters om hun privé-patrimonium een publieke betekenis te geven. In de vernieuwde missie van het MDD werd daarom vooropgesteld om een receptief museum te worden, gebaseerd op nieuwe vormen van samenwerkingsovereenkomsten met de Vlaamse verzamelaar. Het museum Dhondt-Dhaenens wil zich concentreren op het beheer, het behoud, het onderzoek, de archivering en de ontsluiting van privé-erfgoed met een grote maatschappelijke relevantie voor Vlaanderen en wenst hiervoor volwaardige, gefundeerde en dynamische methodes te ontwikkelen. Daarom waren er in 2007 al de ontsluiting van de Verzameling Matthys-Colle en in 2009 van de Verzameling Wilfried & Yannicke Cooreman.

Zoals algemeen geweten bevindt er zich in Vlaanderen een zeer groot en belangwekkend erfgoedpatrimonium in privébezit. Een eerste collectie die door het MDD ontsloten werd, is de Verzameling Matthys-Colle in 2007. In de zomer van 2007 werd een deel van deze collectie gepresenteerd in de ruimtes van het museum, werd er gestart met een onderzoek naar de wervingsmethodiek en werd een catalogus gepubliceerd. Sindsdien volgt het MDD de conservatie- en restauratieproblematiek op van de collectie en wordt het onderzoek rond de collectie verder gezet. Tevens wordt sinds 2007 gewerkt aan de Stichting Matthys-Colle, met het oog op de permanente en publieke ontsluiting van een belangrijk deel van de collectie in de ruimtes van het museum Dhondt-Dhaenens.

In 2009 werd een tweede collectie ontsloten: de Verzameling Wilfried & Yannicke Cooreman. Het echtpaar Cooreman startte met verzamelen eind jaren 1970, door het verwerven van werk van jonge kunstenaars die tot hun eigen generatie behoorden. Sindsdien hebben ze zich in de eerste plaats toegelegd op het volgen en verzamelen van jonge kunstenaars, vaak nog vóór of aan het begin van hun internationale doorbraak. Zo zijn meerdere generatie kunstenaars vertegenwoordigd in hun verzameling, gaande van Franz West, Thomas Schütte, Art & Language, Jean-Marc Bustamente en Jan Vercruysse tot Lucy McKenzie, Gregor Schneider, Robert Kusmirowski, ... Door hun wervingspolitiek onderscheiden Wilfried en Yannicke Cooreman zich als trouwe en geëngageerde verzamelaars van jonge en beloftevolle kunstenaars en bieden ze een eclectisch beeld op de vele artistieke tendensen van de laatste drie decennia.

In het najaar van 2009 werden gesprekken opgestart met de familie Herbert, met het oog op de reconstructie en ontsluiting van de historische Verzameling Tony Herbert. De industrieel Tony Herbert (1902-1959) wordt beschouwd als de belangrijkste verzamelaar van het werk van een aantal Vlaamse kunstenaars van de jaren 1920 – 1945. Hij is een generatiegenoot van het echtpaar Dhondt-Dhaenens. Het echtpaar Dhondt-Dhaenens wenste echter een Vlaamse ontvoogding binnen België te genereren in de jaren 1950 en 1960, dit onder meer door het stimuleren van een Vlaamse culturele activiteit. Tony Herbert wou daarentegen met zijn verzameling in de eerste plaats de artistieke autonomie van het Vlaamse Modernisme in een internationaal perspectief aantonen, en dit door de samenstelling van een coherente verzameling bestaande uit de meest representatieve werken van die kunstenaars. Tony Herbert speelde overigens niet alleen op cultureel gebied een belangrijke rol in de jaren 1940, maar ook op maatschappelijk en politiek vlak. Zo was hij mede-oprichter van de CVP in 1945. Ook was hij in 1944 mede-oprichter van de krant De Nieuwe Standaard, de opvolger van De Standaard die tijdens de oorlogsjaren een collaborateurskrant was.

De verzameling Tony Herbert vertegenwoordigt een belangrijk moment in de perceptie en receptie van eigentijdse kunst in België en in het denken over de positie van Vlaamse kunst in een internationale context. Helaas heeft de wil om het Vlaams Modernisme internationaal te positioneren nooit kunnen leiden tot een efficiënte cultuurpolitiek in de jaren 1960 en later, waardoor de interesse voor kunstenaars zoals Permeke, De Smet en Brusselmans nooit internationaal echt doorbrak. De ontsluiting van de verzameling Herbert past enerzijds in het onderzoek naar de betekenis van de privé-verzamelaar binnen de recente kunstgeschiedenis en anderzijds in het hernieuwen en actualiseren van de interesse voor en betekenis van de Vlaamse kunst van de periode 1920-1940. Dit zijn ook de twee belangrijke ankerpunten van het museale beleid van het museum Dhondt-Dhaenens.